Kelurahan Subagan merubakan gabungan dari dua desa pekraman yang masing masing di lengkapi dengan awig – awig yang sampai saat ini masih mampu menyesuaikan dengan situasi dan kondisi setempat, baik yang dibuat secara tertulis maupun tidak tertulis (deresta). Dua desa pakraman dimaksud adalah Pakraman Jasri dan Desa pakraman Subagan, yang telah berdiri sejak dahulu kala. Namun mengenai asal mula berdirinya desa pakraman tidak dapat diketahui secara jelas, karena dari prasasti – prasasti dan bancangah – bancangah yang ada, banyak informasi yang kurang lengkap.

Secara etimologis Subagan berasal dari kata “ su + baga “ yang kemudian menjadi kata “Subagan” yang artinya tempat yang sangat bahagia ( baik ). Sedangkan Jasri berasal dari kata “ ja “ yang berarti lahir dan “ Sri “ berarti Kemakmuran ( Dewi Sri ). Maka Jasri dapat diartikan lahir dalam kemakmuran.

Kemudian Subagan yang sebelumnya merupakan kedesaan /perbekelan di bentuk menjadi kelurahan berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 28 Tahun 1980 tertanggal 31 Maret 1980 dan Peraturan Daerah Kabupaten Karangasem Nomor 17 Tahun 1981 tertanggal 24 Oktober 1981.

Adapun pejabat – pejabat yang pernah menjabat mulai dari perbekelan sampai dengan menjadi kelurahan adalah sebagai berikut :

• Yang pertama s/d 1946 : Ida Bagus Wayan Alit
• Tahun 1946 s/d 1963 : Ida Made Jelantik
• Tahun 1963 s/d 1974 : I Ketut Jelantik
• Tahun 1974 s/d 1986 : I Dewa Gede Arjana
• Tahun 1986 s/d 1988 : Ida Bagus Wayan Jungutan
• Tahun 1988 s/d 1995 : Cokorda Nyoman Alit Sumampan
• Tahun 1995 s/d 2002 : Tjokorda Made Surya Darma
• Tahun 2002 s/d 2006 : I Gusti Nyoman Darsana,BPA,SH
• Tahun 2006 s/d 2008 : Cokorda Alit Surya Prabawa,SSTP
• Tahun 2008 s/d 2011 : I Gede Sukanta Winaya, SSTP
• Tahun 2011 s/d 2012 : I Nyoman Arta Negara,SSTP
• Tahun 2012 s/d 2014 : Ida Bagus Eka Ananta Wijaya,SSTP
• Tahun 2014 s/d 2018 : I Putu Agus Sumahendra,S.IP, MAP
• Tahun 2018 s.d 2019 : Ni Kadek Dwi Kartini,SSTP,M.Si
• Tahun 2019 s/d 2019 : I Putu Agus Sumahendra,S.IP,MAP
• Tahun 2019 s/d 2019 : I Ketut Yuda Suartana, S.STP
• Tahun 2019 s/d sekarang : Ida Ketut Putra, SP.

                 Demikian sejarah singkat Kelurahan Subagan sebagai pelengkap data Monigrafi Kelurahan yang tentunya masih jauh dari sempurna, maka dari itu kritik dan saran dari pembaca sangat kami harapkan demi kesempurnaan sejarah kelurahan Subagan di kemudian hari.